Zamieniona w okresie sowieckim w magazyn, jeszcze do niedawna znajdowała się w opłakanym stanie. Po renowacji jest kolejną perłą architektury wileńskiej. I chociaż kościół częściej służy za salę koncertową, kameralna muzyka wcale nie ujmuje mu świętości. Kościół stoi przy ul. Wileńskiej 30 (Vilniaus gatvė). Wybudowany w XVII wieku, już w wieku następnym został gruntownie przebudowany. Kolejna rekonstrukcja, która podniosła kościół z ruiny dobiegła końca na przełomie ostatniego stulecia.
Świątynia znajduje się w bezpośrednim sąsiedztwie skweru im. Stanisława Moniuszki, gdzie też w 1922 r. ustawiono popiersie wybitnego artysty. Skwer i kościół stanowią niejako harmonijną całość architektoniczną. Warto zauważyć, że poza popiersiem oraz pomnikiem w kościele św. Jana, kolejnym miejscem pamięci wielkiego kompozytora, jest tablica na domu kompozytora przy niedalekiej od kościoła świętej Katarzyny, Vokiečių gatvė 29 (ul. Niemiecka). Miejscowi Polacy od lat starają się przekonać władze, by w tym domu otworzyć muzeum S. Moniuszki.