Pierwszą siedzibą przemęckich cystersów, którzy przybyli w te strony ok. 1285 r. z opactwa w Gościkowie koło Świebodzina, była dzisiejsza wieś Kaszczor. Na początku XIV w. zakonnicy przenieśli się do sąsiedniego Wielenia. Ostatniej translokacji klasztoru dokonano 100 lat później, za czasów Władysława Jagiełły, który pozwolił cystersom wykupić zastawione przez siebie dobra królewskie w okolicy Przemętu. Mimo znacznego powiększenia dóbr klasztoru, które pod koniec średniowiecza obejmowały około 20 wsi i kilka pobliskich jezior, w XV i XVI w. opactwo przeżywało duże trudności gospodarcze. Łączyło się to z ogólnym kryzysem w Kościele, który doprowadził do drastycznego spadku powołań zakonnych i wyludnienia klasztoru. Sytuacja poprawiła się w pierwszej połowie XVII stulecia. W 1604 r. wzniesiono tutaj pierwsze murowane zabudowania mieszkalne dla mnichów, a w 1651 r. rozpoczęto budowę barokowej świątyni. Prace te zostały przerwane na skutek "potopu", wznowiono je dopiero w latach 80. XVII w. Nowy kościół został poświęcony w 1696 r.
Przemęcka świątynia zaskakuje formą, która z powodu pewnej zewnętrznej surowości, tradycyjnej konstrukcji (trójnawowa bazylika z transeptem) i ceglanej faktury nieotynkowanych ścian bardziej kojarzy się z gotyckimi katedrami średniowiecznymi. Wrażenie to pogłębia widok fasady flankowanej dwiema monumentalnymi wieżami, które zwieńczone są strzelistymi hełmami, wznoszącymi się na wysokość 66 m!
Natomiast wewnątrz świątyni zaskakuje prawdziwy barokowo-rokokowy przepych XVIII w., pełno tu złoceń, stiuków i pastelowych malowideł o charakterze iluzorycznym. Warto zobaczyć niezwykłą, choć jakże typową dla tego okresu, pozorną kopułę na skrzyżowaniu nawy głównej i transeptu, wypełniona postaciami cysterskich świętych, oraz freski w prezbiterium, przedstawiające sceny z życia patrona opactwa - św. Jana Chrzciciela - tudzież personifikacje czterech kontynentów (!). Pamiątką po zakonnikach, którzy musieli opuścić te mury na początku XIX w. na skutek kasaty klasztoru przez władze pruskie, są bogato zdobione stalle i tron opacki z czarnego dębu, ustawione obecnie w kaplicach bocznych przy prezbiterium. Na wyposażenie kościoła składa się również kilka zabytkowych ołtarzy, konfesjonały, ławki, ambona, chrzcielnica, prospekt organowy i wolno stojące figury świętych, wśród nich okazały pomnik św. Jana Nepomucena.
Pozostałe zabudowania klasztorne zostały prawie całkowicie rozebrane w XIX i na początku XX w. Zachowała się tylko część skrzydła południowego z fragmentem sklepionego krużganka.