Kościół został ufundowany w roku 1331 przez Władysława Łokietka jako wotum dziękczynne za zwycięstwo pod Płowcami, ale teren, na którym go postawiono należał do franciszkanów już wcześniej (1298 r.) Był to również dar od Łokietka (wówczas księcia brzesko-kujawskiego). Świątynia otrzymała wezwanie Znalezienia Krzyża Świętego. Z tego okresu pochodzi gotycki portal i ślady po ostrołukowych oknach w prezbiterium.
Wielokrotne najazdy krzyżackie i zniszczenia w czasie potopu szwedzkiego spowodowały konieczność remontów a częstokroć wręcz odbudowę kościoła. Ostatnia miała miejsce w 1931 r.
Świątynia jest dziś trójnawowa (nawy są niesymetryczne) a we wnętrzu oprócz bogatego wystroju w stylach renesansu, baroku i rokoko, możemy podziwiać rzadko spotykane sklepienie kryształowe. W ołtarzu głównym ciekawa rzeźba Chrystusa na Krzyżu, w ołtarzu bocznym osiemnastowieczny, sprowadzony z Włoch obraz Matki Boskiej Nieustającej Pomocy. W kruchcie rzuca się w oczy tablica o treści: „1331. Na pamiątkę zwycięstwa pod Płowcami wystawił tę świątynię Władysław Łokietek Król Polski”.
W 2014 r. w kościele ustanowiono Sanktuarium Matki Bożej Nieustającej Pomocy.
Z kościołem sąsiadują budynki klasztoru, po którego ogrodach chadzają strusie. U podnóża skarpy kościelnej – ciekawy pomnik Jana Pawła II.