Kościół parafialny w Starej Pilicy zbudowano w 1325 r. Natomiast kiedy powstał obecny kościół św. Jana Chrzciciela i Jana Ewangelisty - dokładnie nie wiadomo, prawdopodobnie była to budowla XIV-wieczna. W 1611 r. otrzymał godność kolegiaty, a w 1612 r. został przebudowany.
Z pierwotnej budowli zachowało się gotyckie prezbiterium, sklepione krzyżowo, oskarpowane, oświetlone ostrołukowym oknem. Od pn. przylega do niego zakrystia, ozdobiona z zewnątrz attyką i herbami dawnych właścicieli Pilicy. Od pd. do prezbiterium przylega dobudowana w 1601 r. renesansowa kaplica grobowa Padniewskich z późnorenesansowym portalem i nagrobkiem z czerwonego marmuru Anny i Mikołaja Padniewskich (dzieło włoskiego artysty Kaspra Fodige). Sąsiednia barokowa kaplica św. Józefa pochodzi z ok. 1700 r. i jest wybitnym dziełem architektury i sztuki; znajduje się w niej ciekawe sklepienie kolebkowe, dekoracja stiukowa i późnobarokowa polichromia.
Od pn., bliżej prezbiterium, znajduje się najstarsza w tym kościele, gotycka kaplica św. Anny, ze sklepieniem krzyżowo-żebrowym. W niej renesansowa płaskorzeźba nagrobna małżeństwa Warszyckich oraz nagrobek Kasi Pileckiej (1555) dłuta włoskiego rzeźbiarza Franciszka Marii Padovano (twórcy rzeźb m.in. w Kaplicy Zygmuntowskiej na Wawelu).
W pobliżu wejścia do nawy znajduje się jeszcze kaplica Świętego Krzyża z 1701 r.