Historycy sztuki zgodnie podkreślają, że koszalińska fara jest wśród pomorskich świątyń zjawiskiem wyjątkowym nie tylko z powodu konstrukcji architektonicznej, ale i ze względu na niezwykłe szczęście. Liczne pożary miasta i wojenne kataklizmy nie naruszyły gmachu XIV-wiecznego kościoła, który w niezmienionej formie przetrwał aż do 1842 r. Wtedy to podczas prac remontowych zniknęły elementy średniowiecznego wyposażenia wnętrza. Romantyczne, narodowo-pruskie wyobrażenia autorów przebudowy wpłynęły na to, że świątynia gotycka nabrała cech neogotyckich.
Wystrojowi bazyliki oprócz nieudolnych restauratorów zagroziła także reformacja, która ze świątyni usunęła m.in. ołtarze Matki Boskiej. W latach 70. XX w. usiłowano przywrócić świątyni jej pierwotny charakter - usunięto neogotyckie empory i ołtarze, skuto tynki odsłaniając ceglane ściany. Na kratownicę stanowiącą stelaż głównego ołtarza powróciły bogato polichromowane i złocone gotyckie figury Matki Boskiej z Dzieciątkiem, świętych i biskupów. Pochodzą one z datowanego na 1512 r. gotyckiego pentaptyku (ołtarza składającego się z szafy środkowej i czterech skrzydeł) dłuta mistrza Andreasa Wenzla z Iwięcina. Są to jedyne zachowane na Pomorzu Środkowym rzeźby tego typu. Bazylika Niepokalanego Poczęcia NMP w Koszalinie posiada jeszcze dwa bezcenne dzieła sztuki - wykonaną przez mistrzów gotlandzkich w XIII w. chrzcielnicę z wapienia muszlowego i pochodzący z tego samego okresu krucyfiks, który pierwotnie znajdował się w klasztorze sióstr cysterek na Górze Chełmskiej. Zwiedzając świątynię warto zobaczyć okna prezbiterium. Na witrażach obok Jezusa i świętych znajdziemy wizerunki ojców protestantyzmu, pogromców wiary katolickiej - Martina Lutra i Filipa Melanchtona. To w świątyni katolickiej raczej rzadkość.