Barokowy kościół pw. Świętego Krzyża w Braniewie zbudowany został w latach 1722-47. Jest to budowla orientowana, założona na planie krzyża greckiego. Początkowo był kościołem odpustowym. Zezwolenie na jego budowę wydał biskup Teodor Potocki. Po kasacja Zakonu Jezuitów świątynią zaopiekowali się w 1811 roku księża z kościoła parafialnego św. Katarzyny. Przyroda i kolejne wojny nie szczędziły kościoła, ale dzisiaj jest jedną z najlepiej zachowanych zabytkowych budowli miasta.
W latach 30. XX wieku kustoszami Sanktuarium zostali niemieccy redemptoryści - zbudowali klasztor który nawiązuje charakterem do bryły kościoła. Dzisiaj pełni funkcję kościoła klasztornego oo. redemptorystów - dzisiaj już polskich. Miejsce, na którym stoi kościół jest szczególne i niezwykłe. Podczas wojen szwedzkich miało tu miejsce zdarzenie uznane za cud. Do obrazu, który wisiał na drzewie za miastem, ot tak dla zabawy strzelali szwedzcy żołnierze. Trzy kule przeszyły obraz, z którego po chwili zaczęła płynąć krew... Tak się zaczął kult cudownego obrazu. Faktem zaś jest obecność trzech otworów w płótnie tegoż obrazu. Miejsce, w którym znajdował się obraz, stało się celem licznych pielgrzymek i modlitw wiernych.
Jezuici w miejscu tym w 1631 roku wybudowali małą drewnianą kapliczkę, którą trzydzieści lat później powiększono do wielkości kościoła. Cudowny obraz przez 40 lat przebywał na Zamku Królewskim w Warszawie i w Paryżu, gdzie wywiózł go Jan Kazimierz. Po wielu próbach jezuici odzyskali go i 10 października 1672 roku sprowadzili z powrotem do Braniewa. Przy cudownym obrazie miało miejsce wiele uzdrowień, a do sanktuarium po dziś dzień przybywają liczne pielgrzymki i procesje.