Zbiory Muzeum obejmują zabytki sztuki sakralnej z Częstochowy i okolic, powstałe w różnym czasie, mające wartość nie tylko artystyczną ale także historyczną i kulturową. Spośród rzeźb szczególnie warto zobaczyć Matkę Bożą z Dzieciątkiem z ok. 1430 r., figury Chrystusa czy postacie świętych (m.in. rzeźba św. Marcina z Mstowa z ok. 1500 r. czy św. Joachima z poł. XVIII w.).
Kompozycje malarskie to w większości obrazy przedstawiające świętych bliskich polskiej religijności, m.in. św. Annę, św. Antoniego Padewskiego, św. Rocha i św. Sebastiana, św. Pawła Pustelnika oraz sceny z życia Chrystusa i wizerunki Matki Bożej. Ciekawą część zbiorów stanowią numizmaty oraz medale wydawane z okazji różnych wydarzeń kościelnych i uroczystości religijnych, będące swoistym świadectwem historii Kościoła.