Historia Śmigla, wielkopolskiego miasteczka leżącego przy drodze łączącej Poznań z Wrocławiem, związana była przez kilka wieków z trzema wyznaniami chrześcijańskimi. Na terenie miasta założonego w początkach XV wieku żyli obok siebie wyznawcy katolicyzmu, luteranizmu i arianizmu. Pierwszą religią był oczywiście katolicyzm.
Parafia śmigielska, a wcześniej koszanowska powstała przed 1400 r. W końcowych latach kryzys w kościele katolickim znalazł swoje odbicie także w Śmiglu. Już wówczas pierwsi mieszkańcy zaczęli wskazywać na konieczność jego zreformowania. Reformacja na dobre zagościła w mieście w XVI wieku. Ówcześni właściciele miasta Rozdrażewski, Śmigielski i Cikowski przyjęli nauki reformacji. Dwaj pierwsi przyjęli luteranizm, ostatni przeszedł na arianizm, tworząc w Śmiglu ważny jego ośrodek. Koniec arian przypadł na 1660 r., gdy podjęto decyzję o ich wygnaniu. W mieście pozostali katolicy i ewangelicy.
Gminę ewangelicką w Śmiglu od samego początku tworzyli głównie mieszkańcy o niemieckich korzeniach. Już w 1560 r. posiadali swój drewniany zbór, do którego przylegał cmentarz. Świątynia luterańska spłonęła w pożarze w 1640 r. Nowy kościół wzniesiono w innym miejscu miasta i poświęcono w 1644 r. jako kościół św. Jana. Jego wysoka wieża górowała nad miastem do 1814 r. W roku tym kolejny pożar zniszczył miejsce kultu ewangelików. Nabożeństwa przez 16 lat odbywały się w zastępczych pomieszczeniach. W 1830 r. przy wsparciu władz pruskich zbudowano nowy zbór istniejący do dziś.
Budynek zaprojektował Karl Friedrich Schinkel, wybitny niemiecki architekt specjalizujący się w klasycyzmie. W 1869 r. wzniesiono nową wieżę z zegarami i dzwonami. W czasie II wojny światowej dzwony zostały przejęte na potrzeby wojska niemieckiego. Po 1945 r. ze Śmigla wyjechała większość niemieckich mieszkańców stanowiących większą część wyznawców ewangelicyzmu. Opuszczony kościół przejęła parafia katolicka i do 1976 r. stanowił świątynię pomocniczą.
W 1976 r. powołano parafię św. Stanisława Kostki, a w 1981 r. dawny zbór stał się jej kościołem. Dziś jego wnętrze charakteryzuje się emporami typowymi dla ewangelickich świątyń oraz nowym katolickim wyposażeniem. Kościół poewangelicki położony na zamknięciu wybiegającej z Placu Rozstrzelanych ulicy Szkolnej został wpisany do rejestru zabytków 17 kwietnia 1969 r.