Od maja 1959 r. muzeum zajmowało trzy sale w XIX-wiecznym, modrzewiowym Dworcu Gościnnym. Trzy lata później budynek dworca spłonął, a uratowane zbiory umieszczono na pierwszym piętrze XIX-wiecznej willi „Pałac” na placu J. Dietla.
W 1972 r. nastąpiło ponowne otwarcie Muzeum Pienińskiego. W dziale etnograficznym prezentowana jest regionalna architektura i wyposażenie wnętrz dawnych domów góralskich. Interesujące są tutaj zgromadzone malowane godła domów, które niegdyś wisiały na nich zamiast numerów (wędrując po ulicach Szczawnicy, na niektórych zabudowaniach można jeszcze zobaczyć namalowane godła domów).
W dziale historycznym natomiast prezentowane są dzieje Szczawnicy oraz sylwetki związanych z nią osób, m.in. pokój poświęcony Janowi Wiktorowi, pisarzowi, publicyście i malarzowi, który wytrwale dążył do utworzenia muzeum.