W 1892 r. zawiązano Fundację Kościelną pod nazwą Zakład im. Najświętszej Marii Panny, w ramach której Boromeuszki prowadziły sanatorium dla dzieci. W zakupionym budynku siostry zakonne urządziły kaplicę.
W następnych latach zakład rozbudowano, kaplicę przeniesiono do odrębnego budynku celem udostępnienia jej mieszkańcom Jastrzębia-Zdroju na cele parafialne. W latach 50. część zabudowań zabrano Boromeuszkom i przeznaczono na pomieszczenia dyrekcji Uzdrowiska Jastrzębie Zdrój. Aby nie utracić pozostałych, kaplicę zaadaptowano na kościół pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa, który 10 czerwca 1951 r. poświęcił biskup Herbert Bednorz.
Kościół sukcesywnie powiększano o nowe pomieszczenia, a w 1995 r. uruchomiono kaplicę Matki Boskiej Częstochowskiej. Na rok jubileuszowy 2000 ufundowany został nowy wystrój prezbiterium z obrazem Najświętszego Pana Jezusa w środku jako relikwią.