Jego historia zaczyna się w roku 1378, kiedy to biskup płocki Dobiesław wydał pozwolenie na założenie kościoła we wsi Czebniewo – pierwotna nazwa Ciemniewka. 90 lat później ówczesny biskup płocki Syberiusz nadał kościołowi miano „parafialnego”. Do parafii należało wówczas kilka pobliskich wsi. Pierwotny kościół był drewniany o pięciu ołtarzach i nosił wezwanie św. Jana Chrzciciela, które przetrwało do początku XIX wieku i był – prawdopodobnie – mieszanką elementów stylów: romańskiego i gotyku. Na początku XIX wieku zmieniono wezwanie na św. Mikołaja, przeprowadzono renowację kościoła i dzwonnicy, w której zawieszono nowe dzwony. W połowie tego wieku świątynia została odrestaurowana od fundamentów, a teren wokół niej uporządkowany.
Pod koniec wieku XIX na miejscu starego, chylącego się ku upadkowi kościoła wybudowano nowy, o trzech ołtarzach, reprezentujący połączenie renesansu z barokiem. Na początku XX wieku odrestaurowano wnętrze, ołtarz i organy. Podczas I wojny światowej Prusacy zarekwirowali dzwony do przetopienia na kule.
W okresie dwudziestolecia międzywojennego kościół otrzymał olejną polichromię dywanową o kontrastowym zestawieniu kolorów, która nawet w dzisiejszych czasach uchodzi za oryginalną. W 1930 roku okradziono go, a straty poniesione w wyniku tego haniebnego czynu parafia uzupełniała przez kilka lat. II wojna światowa nie przyniosła kościołowi uszczerbku. Cztery lata po jej zakończeniu przeprowadzono kolejną renowację jego wnętrza i elewacji zewnętrznych oraz zawieszono nowe dzwony w dzwonnicy. Dwadzieścia lat później odrestaurowano ołtarz główny i parkan otaczający teren kościelny.
Lata 80. XX wieku również były okresem remontów: wymieniono część podłogi oraz wszystkie drzwi w kościele. Dziesięć lat temu wyremontowano zabytkową dzwonnicę, zaś w latach 2005-2007 zrewitalizowano otoczenie wokół świątyni. Rok później zabezpieczono i zakonserwowano elewację kościoła, wymieniono dach i orynnowanie.
Ostatnim – jak dotychczas – etapem prac było odnowienie całej malatury wewnątrz świątyni, obłożenie granitem schodów wejściowych i wybudowanie parkingu przed bramą. Prace te zostały przeprowadzone w latach 2009-2011.