Podkościańskie Bonikowo, posiadające dawniej nazwę Boników, po raz pierwszy wzmiankowane było w 1310 r. Osada, początkowo należąca do miasta Kościana, stała się w XIV w. własnością szlachecką. Od 1440 r. wchodziła w skład dóbr królewskich zarządzanych przez starostów kościańskich. Po przejęciu jej przez władze pruskie po rozbiorze Polski na pewien okres trafiła w ręce niemieckie. Wieś odkupili Chłapowscy z Turwi, do których należała do 1939 r. Ostatni jej właściciel Alfred Chłapowski został zamordowany przez hitlerowców.
W rocznicę 700-lecia powstania wsi przypadającą w 2010 r. przed kompleksem szkolnym odsłonięto pamiątkowy głaz. Oprócz okazjonalnego napisu znalazł się na nim herb Gminy Kościan będącej fundatorem pomnika.