Na początku XVI wieku, kiedy Marcin Luter przybił na drzwiach kościoła w Wittemberdze swoich „95 tez”, którymi sprzeciwił się zwyczajom panującym w Kościele rzymskokatolickim, rozpoczęła się epoka reformacji, która szybko dotarła do Księstwa Cieszyńskiego. Tezy Lutra spotkały się tu - przy zdecydowanym poparciu szlachty i panujących możnowładców morawskich - z życzliwym przyjęciem mieszczan i chłopstwa, rozszerzając się i zajmując coraz to nowe obszary.
W połowie XVI wieku prawie wszystkie kościoły były w rękach ewangelików, a duchowni i zakonnicy z lokalnych klasztorów, opuszczeni przez swoich parafian, którzy przeszli na stronę luteran, opuścili placówki. Tak zwana „tania religia”, polegająca m.in. na wprowadzaniu do kościołów języka narodowego, udostępnianiu Biblii, zbiorów kazań i śpiewników w języku polskim, cieszyła się znacznym uznaniem.
Wojna Trzydziestoletnia, wymarcie Piastów cieszyńskich i wydany w 1629 r. przez księżną Elżbietę Lukrecję statut religijny pozbawiający innowierców wszelkich praw oraz jego egzekucja przez cesarza Ferdynanda III zwiastowały walkę z religią ewangelicką. Zakazano nabożeństw, wprowadzono kary za Msze w domach, niszczono księgi religijne, tzw. „heretyckie”, i dokonywano innych represji, co spowodowało, że Kościół ewangelicki przeniósł się do podziemia. Zaczęto organizować kościoły leśne „przy kamieniu”. Dopiero wiek XVIII, kiedy pod presją króla szwedzkiego Karola XII cesarz Józef I zmuszony został do wprowadzenia wobec ewangelików ustępstw, ułatwił budowę kościołów i powstawanie zborów ewangelickich. Uchwalony przez cesarza Józef II patent tolerancyjny z 1781 r. zezwalał na budowę domów modlitw i szkół w ośrodkach zamieszkałych przez więcej niż 100 ewangelików.
W 1791 r. wybudowano i poświęcono kościół w Nawsiu koło Jabłonkowa, który obejmował swoim zasięgiem Istebnę, Koniaków i Jaworzynkę. Parafianie tych okolic do 1920 r. uczęszczali na nabożeństwa do Nawsia do czasu, kiedy w wyniku wprowadzenia granicy z Czechosłowacją Trójwieś została oddzielona od swojego kościoła parafialnego. W 1924 r. założono cmentarz, a następnie w oparciu o projekt Tadeusza Michejdy rozpoczęto budowę świątyni ewangelickiej, która ukończona została w 1930 r., a w 1932 przyłączona do parafii w Wiśle służyła okolicznym ewangelikom. W okresie okupacji uległa niewielkim zniszczeniom; odbudowana bezpośrednio po zakończeniu działań wojennych mogła spełniać swoje funkcje religijne. W 1949 r. zainstalowane zostały - w miejscu wcześniejszych, zarekwirowanych przez okupanta - dzwony ufundowane przez parafian.
Parafia w Istebnej jest najdalej wysuniętą i najwyżej położoną Parafią Ewangelicko-Augsburską w Polsce.