Na mocy dekretu wydanego dniu 15 marca 1631 roku przez arcybiskupa gnieźnieńskiego Jana Wężyka i króla Zygmunta III Wazy został utworzony koniński konwent franciszkanów-reformatów. Plac pod budowę klasztoru i kościoła został ufundowany przez konińskiego aptekarza koniński Szymona Bodewicza i szlachcica Stefana Modlibowskiego. Został wzniesiony pierwszy drewniany kościół, a następnie wybudowane zostały zabudowania klasztorne. W 1661 roku kościół i zabudowania klasztorne spłonęły w pożarze.
W dniu 31 maja 1699 r. nastąpiła konsekracja nowego, murowanego kościoła przez biskupa Hieronima Wierzbowskiego, sufragana poznańskiego. Murowane zabudowanie klasztorne wybudowane zostały w latach 1727-33 z fundacji księżnej Teofili z Leszczyńskich Wiśniowieckiej, kasztelanowej krakowskiej. Po upadku powstania styczniowego w 1864 r. klasztor uległ kasacie, reformaci zostali internowani w Kaliszu. Kościół przeszedł pod opiekę księży parafialnych. Budynki klasztorne zostały przekazane na garnizon rosyjski 13. kargopolskiego pułku dragonów, który miał za zadanie utrzymanie porządku i bezpieczeństwa w mieście i okolicach.
W czasie pierwszej światowej mieścił się tutaj szpital. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1919 r. do Konina powrócili franciszkanie. Zakonnicy w klasztorze prowadzili najpierw szkołę powszechną, a później bursę dla gimnazjalistów. Po raz drugi zakonnicy mury klasztorne musieli opuścić w 1940 r. z powodu eksterminacji, którą prowadził okupant hitlerowski. W zabudowaniach klasztornych hitlerowcy urządzili internat dla młodzieży hitlerowskiej, natomiast w kościele szkołę.
Po zakończeniu działań wojennych w 1945 r. w władze Polski Ludowej przeznaczyły budynki na szkołę oraz magazyny dla przedsiębiorstwa „Prasa–Książka–Ruch”. Jako rekompensatę franciszkanie otrzymali kościół protestancki i dawne mieszkanie pastora. Po przeniesieniu szkoły do innych obiektów franciszkanie powrócili do części zabudowań. W latach 1956 – 1967 trwał remont zdewastowanego kościoła. W 1969 r. została erygowana parafia pw. św. Marii Magdaleny. Po upadku systemu komunistycznego, wszystkie zabudowania klasztorne zostały zwrócone zakonnikom