Na obszarze Wigierskiego Parku Narodowego występują dwa typy krajobrazu. Znacznie większa, północna część to teren o bardzo urozmaiconej pagórkowatej rzeźbie - dzieło lądolodu ostatniego zlodowacenia. Południowy skraj parku to płaska równina, dalej w kierunku południowym porośnięta borami Puszczy Augustowskiej. Przebiegająca wzdłuż południowych brzegów jeziora Wigry granica między tak różnymi krajobrazami to linia, na której zatrzymało się czoło lądolodu. Na północ od niej powstała bardzo urozmaicona rzeźba polodowcowej wysoczyzny. Na jej przedpolu wody topniejącego lądolodu utworzyły piaszczystą równinę, zwaną przez geomorfologów sandrem.
Aż 62% powierzchni parku stanowią, sosnowo-świerkowe lasy. Jednak największą jego atrakcją są wody. Najważniejsze jest oczywiście jezioro Wigry. Tworzą je dwie rynny o bardzo urozmaiconej linii brzegowej, pełnej półwyspów i zatok - wymarzone do żeglugi. To jedno z głębszych jezior w Polsce. Jego głębokość dochodzi do 73 m. Przez teren parku przepływa słynna Czarna Hańcza - jedna z ważniejszych rzek Suwalszczyzny. Wypływa z jeziora Hańcza i przez pierwsze kilometry płynie głębokim wąwozem w obrębie Suwalskiego Parku Krajobrazowego. Uchodzi do Niemna na terenie Białorusi. Długość rzeki wynosi prawie 142 km, z czego 108 km - na terenie Polski. Przez teren WPN przepływa górno-środkowy, prawie 15 kilometrowy fragment rzeki. Dolina Czarnej Hańczy powyżej Wigier ma niezwykle wysoką wartość przyrodniczą. Decydują o tym przede wszystkim bardzo bogate i zróżnicowane florystycznie zespoły roślinne otaczające rzekę. Dlatego, pomimo iż jej prawie górski rwący nurt stwarza idealne warunki do spływu kajakiem, jest ona prawie w całości zamknięta dla turystyki i stanowi obszar ochrony ścisłej. Dostępny jest tylko odcinek rzeki poniżej jeziora Wigry, tworząc jeden z najsłynniejszych polskich nizinnych szlaków kajakowych.
Wody jezior Wigierskiego Parku Narodowego obfitują w cenne gatunki ryb. Występują tu m.in. sieje i sielawy. Dzięki staraniom dyrekcji parku i działalności nowoczesnej wylęgarni ryb w Tartaku do jezior wróciły sumy i trocie jeziorowe. Przywraca się także wytrzebione wcześniej raki szlachetne. Wody parku są otwarte dla turystów i wędkarzy od 1.06 do 31.10. Nie wolno wpływać w trzcinowiska, wprowadzane są też okresowe ograniczenia w dostępie do niektórych części jeziora Wigry. Wędkujący muszą wykupić licencję na połów w Dyrekcji WPN w Krzywem.
Herbowym zwierzęciem parku jest bóbr. W granicach WPN jego populację szacuje się na ok. 250 osobników. Bobry słyną z pracowitości we wznoszeniu żeremi, tam i kopaniu kanałów. Ich wigierską specjalnością są tamy budowane z użyciem kamieni! Kamienne tamy bobrze można zobaczyć na płynącej w północnej części parku rzeczce Wiatrołuży.