W Popkowicach pierwszy drewniany kościół wybudowany został pod koniec XIV wieku pod wezwaniem św. Krzyża. Powstała tu w niedługim czasie parafia należała do Diecezji Krakowskiej. W XVI wieku właścicielem Popkowic i pobliskich Skorczyc został Mikołaj Rej z Nagłowic. On to wybudował tutaj dwór myśliwski, do którego często zajeżdżał. W roku 1566 przekazał katolicki kościół na kalwiński zbór.
W XVII wieku właścicielem Popkowic został Jan Szornel, pułkownik polskich wojsk zasłużony w walkach pod dowództwem hetmanów Karola Chodkiewicza i Jana Zamoyskiego. Tenże nowy właściciel tych terenów w roku 1617 wykupił świątynię od kalwinów i przekazał ją katolikom. Po śmierci zasłużonego pułkownika, jego syn w miejscu drewnianej świątyni wybudował z cegły i polnego kamienia nowy kościół.
Konsekracji w roku 1667 dokonał bp. Mikołaj Oborski nadając mu wezwanie św.Trójcy Przenajświętszej, zachowane do dziś. Wszelkie zniszczenia jakich ten murowany kościół doznał od czasu jego powstania, w wyniku wojennych działań "uleczono" z ofiarnych datków tutejszych parafian.