Nieduży kościół dziś zlokalizowany jest przy ul. Szpitalnej, gdyż w przeszłości pełnił funkcję kaplicy przy szpitalu miejskim, a zwany był przez mieszkańców Skoczowa (może nawet do czasów obecnych) “szpitalikiem”.
Dzisiejsza świątynia nosi ślady pierwotnego kościółka zbudowanego ok. XV wieku a obecną bryłę zawdzięcza rozbudowie w latach 1794-95. Kościół nie posiada już jakichś wyraźnych cech stylowych, być może zatraconych w różny sposób w ciągu ponad 300. lat. Obecnie jest to budowla zbudowana (rozbudowana) na planie prostokąta, murowana (według źródeł), o wątku ceglano-kamiennym, otynkowana, jednonawowa, a jej prezbiterium jest zamknięte trójbocznie. Przekryta została dwupołaciowym dachem w części korpusu głównego, a od absydy - dachem o trzech połaciach, a boczną kaplicę (schowana, a widoczna od ul. Adama Mickiewicza) przypuszczalnie również dwupołaciowym dachem.
Ciekawostką może być fakt, iż wieża kościelna nie wieńczy samego budynku kościoła, a ten w połączeniu z dawnym szpitalem, został zakończony wspomnianą wieżą. Wnętrze świątyni zachowało prawdopodobnie swój wygląd (przypuszczalnie z lat rozbudowy kościółka), jednak jego większość ma pochodzić (według źródeł) z XVI wieku. Niewątpliwie na uwagę zasługują niektóre części wyposażenia świątyni, a są to m. in.: barokowa ambona, barokowy krucyfiks, kropielnica w kształcie kielicha o cechach barokowych, kamienna chrzcielnica znajdująca się w prezbiterium, datowana na XVI wiek, w której według przekazów, czy też źródeł pisanych, miał być ochrzczony św. Jan Sarkander. W ołtarzu głównym, obok figury św. Heleny widoczna jest figura św. Jana Sarkandera.
Od 1958 roku sklepienie “szpitalika” zostało ozdobione malowidłami wykonanymi przez artystę malarza, Jakuba Kawuloka z niedalekiej Istebnej. Trzy sceny, widoczne we wspomnianych malowidłach odnoszą się do życia świętego Jana Sarkandra: scena chrztu, który odbył się w tutejszym kościółku, scena męczeństwa świętego I scena wyniesienia do chwały.