Świątynia w Sępólnie wzmiankowana jest w 1360 r. jako kościół pod patronatem bożogrobców z Miechowa. Obecny kościół zbudowano staraniem proboszcza Jakuba Ettera przez mistrza Jana Ludwika Vasentina z Debrzna w latach 1789-1803. W latach 1926-1927 świątynie powiększono dobudowując przęsła i wieżę w fasadzie zachodniej. Wieża reprezentuje styl neobarokowy, lecz trzon budowli jest klasycystyczny.
Świątynia jest jednonawowa, murowana z cegły, orientowana. Wnętrze kościoła to mieszanka stylów od póżnorenesansowego po klasycystyczny. Sklepienie zdobi współczesna (1960) polichromia Delińskiego i Niemczyka. Ołtarze boczne pochodzą z 1637 r. są starsze niz światynia, podobnie jak wiszący na lewej ścianie obraz Jezusa ukrzyżowanego pochodzący z nieistniejącego od końca XVII w. kościoła św. Krzyża.