Najstarsze wzmianki o wsi pochodzą z pierwszej połowy XIVw. i mówią o przekazaniu jej rycerzowi Piotrowi Kunickiemu herbu Szreniawa, a także o parafii pw. św. Katarzyny. Należy przypuszczać, że parafia istniała już w 1324r. za Władysława Łokietka. Pierwszy kościół, wg zapisów dokonanych przez Jana Długosza w Liber beneficiorum dioecesis Cracoviensis, powstał w latach 1337-1338. Nieznane są jego losy.
Kolejna świątynia, dzięki fundacji Mikołaja Jordana z Zakliczyna powstała w 1521r. Została zniszczona przez pożar w 1916r. Na wzór spalonego zbudowano w 1923r. obecnie funkcjonujący.
Z nazwą wsi Wilkowiska związana jest legenda o watahach wilków, które upodobały sobie okoliczne lasy. Mówi o karawanie kupieckiej, która nie zdążyła przed zmrokiem dotrzeć do Szczyrzyca. Wilki pożarły nieszczęśników pozostawiając tylko ich buty z cholewkami.