Żagań należy do najstarszych miast Dolnego Śląska. Przez kilkaset lat miasto było siedzibą księstwa żagańskiego. Ostatnim władcą księstwa był potomek księcia Piotra Birona Boson II de Talleyrand- Perigord. W 1935 r. władze hitlerowskiej Rzeszy uznając go za wroga odebrały mu majątek. Do tego czasu każdy z książąt władających miastem pozostawiał po sobie pamiątki w formie cennych dziś zabytków. Jednym z nich jest kościół świętych Piotra i Pawła znajdujący się przy dzisiejszym Placu Słowiańskim. Okazała budowla należy do najstarszych budynków w mieście.
Historia kościoła świętych Piotra i Pawła zaczyna się w 1284 r. W roku tym władający wówczas księstwem żagańskim książę Konrad II Garbaty sprowadził do Żagania franciszkanów. Zakonnicy wspierani przez władcę wznieśli klasztor oraz kościół. Kamienno-ceglaną, gotycką świątynię ukończono w 1293 r. W 1486 r. w czasie pożaru miasta znacznym uszkodzeniom uległ także franciszkański kościół i klasztor. Odbudowywano je do 1495 r. nadając im zmienioną formę. W 1515 r. wzniesiono od północnej strony kaplicę Matki Boskiej Bolesnej. Wraz z nastaniem reformacji w kościele katolickim franciszkanie opuścili w 1539 r. Żagań pozostawiając swoje budynki. Kościół przejęty został przez gminę luterańską, która po przeprowadzonej przebudowie uczyniła z niego swój zbór. Ewangelicy dobudowali w 1604 r. wysoką wieżę. Do luteran świątynia należała do 1633 r. i krótko w połowie XVII wieku.
Od 1633 r. pofranciszkański zespół przejął zakon jezuitów. To jezuitom budynki zawdzięczają swój dzisiejszy wygląd. Pierwszą przebudowę przeprowadzono w 1660 r. we wnętrzu świątyni, przywracając mu katolicką formę. Sąsiadujący z kościołem klasztor przebudowano w 1655 r. według koncepcji architekta Antonio della Porty na kolegium. Zniszczone w pożarze w 1668 r. kolegium odbudowano i w następnych dziesięcioleciach powiększono o aulę i dodatkowe skrzydła. Kościół uszkodzony został ponownie w 1730 r. Pożar strawił wówczas jego wyposażenie. Jezuici zakupili nowe ołtarze o barokowych cechach. Pochodzące z tego czasu ołtarze główny i dwa boczne przetrwały do dnia dzisiejszego. Zakonnicy posiadali kościół i kolegium do kasaty zakonu w 1776 r. Od tego czasu była to świątynia gimnazjalna związana ze szkołą funkcjonującą w pojezuickim kolegium.