Obecny kościół pw. Św. Stanisława Biskupa i Męczennika pierwotnie funkcjonował jako filialna kaplica zdrojowa. Wzniesiono ją w stylu neogotyckim w latach 1912 - 1926 z fundacji hr. Anny z Działyńskich Potockiej i hr. Jana Potockiego. Do wybuchu II wojny światowej kaplica dostępna była jedynie dla gości uzdrowiska. W czasie wojny służyła wszystkim wiernym z Rymanowa Zdrój i okolic.
Do roku 1974 kaplica należała do parafii w Rymanowie. 3 lutego 1974 roku Ks. Bp. Ordynariusz Ignacy Tokarczuk ustanowił w Rymanowie Zdroju nową parafię pod wezwaniem św. Stanisława Biskupa Męczennika. Na przełomie lat 60-tych i 70-tych XX wieku w kościółku przeprowadzono remont. Wtedy też - w miejsce zniszczonych w czasie wojny witraży - wstawiono nowe, zbudowano ambonę i chór, a także zainstalowano organy.
W latach 1999 - 2004 zdrojowy kościółek powiększono. Poszerzono prezbiterium, dobudowano nawy boczne, zakrystię i sanitariaty.