Jak podają źródła historyczne już około 1350 roku na wschód od kościoła św. Katarzyny istniała gotycka kaplica pokutnic pod wezwaniem św. Marii Magdaleny. Kaplica pierwotnie składała się z dwóch kondygnacji oddzielonych drewnianym stropem . Wejście znajdowało się w ścianie wschodniej. Prawdopodobnie w tym samym czasie co i kaplica wzniesiona została niedostępna obecnie wieża schodowa. Wiele lat później kaplica pokutnic została przebudowana, a następnie wkomponowana w bryłę kościoła klasztornego.
W pobliżu kaplicy, jak głosi czternastowieczna legenda ukazała się Matka Boska, co dało początek wierze w uzdrawiającą moc wody czerpanej ze studni. O tym fakcie mówią średniowieczne dokumenty związane z historią gdańskiego grodu. Przy istniejącej studni i kaplicy stowarzyszenie kobiet pokutujących, zwanych magdalenkami wiodło pobożny żywot. W tym czasie nie było w Gdańsku żadnego żeńskiego zakonu. Ówczesne władze krzyżackie z wyraźną niechęcią odnosiły się do wszelkiego rodzaju wspólnot zakonnych, które mogłyby w konsekwencji okazać się dla nich jakąś konkurencją. Te właśnie gdańskie pokutnice stały się pod koniec XIV wieku zaczątkiem klasztoru św. Brygidy.
W roku 1390 Wielki Mistrz Zakonu Krzyżackiego Konrad Zolner von Rotenstein ofiarował pokutnicom parcele które były już wcześniej przez nie użytkowane. W dwa lata później przybyły do Polski pierwsze zakonnice z Vadsteny, tworząc zalążek przyszłego zgromadzenia brygidek. W roku 1394 uzyskało ono moc prawną w postaci bulli papieża Bonifacego X oraz akt nadania Wielkiego Mistrza Konrada von Jungingena. W tym czasie rozpoczęto budowę dużego kościoła klasztornego. Przypuszczalnie już w roku 1396 ukończono nawę główną środkową kościoła.
Nowy kościół stykał się ścianą wschodnią z kaplicą Marii Magdaleny. Przypuszczalnie drugi etap budowy kościoła, czyli wzniesienie nawy północnej ukończono około roku 1416. W tym czasie wyburzona została pierwotna ściana zewnętrzna nawy głównej i na jej miejscu ustawiono rząd filarów. W ścianie nowo wybudowanej nawy wkomponowano obejście dla zakonnic będące charakterystycznym elementem architektonicznym kościołów zakonu brygidek. Innym specyficznym elementem kościołów brygidek była drewniana empora dla zakonnic wzniesiona w miejscu dzisiejszego chóru. W trakcie prac budowlanych usunięto ścianę zachodnią kaplicy Marii Magdaleny tworząc łuk tęczowy. W tym czasie zamurowano również dojście do wieży schodowej kaplicy.
Rozwój bryły kościoła św. Brygidy następował stopniowo. Trudno dzisiaj ustalić szczegóły dotyczące powstawania poszczególnych jego elementów. Można jednak przyjąć, że wraz z dobudowywaniem kolejnych naw wzniesiono prezbiterium oraz zakrystię. Zakrystia w początkowej fazie posiadała tylko jedną kondygnację. W roku 1512 wzniesiono nawę południową z rzędem wysokich okien, oraz wejściem od strony południowej i zachodniej. W nowo wybudowanej nawie wykonano na wzór nawy północnej obejście przechodzące przez specjalne otwory zachowane do dzisiaj w filarach przyściennych. Dodatkowo w narożnikach południowo zachodnim i południowo wschodnim umieszczono wieże schodowe umożliwiające wejście na poddasze kościoła. Ostatnie znaczące zmiany w sylwetce kościoła św. Brygidy przeniósł wiek XVII i XVIII. W roku 1673 w narożniku południowo wschodnim kościoła wzniesiono wieżę dzwonniczą ze szczycikami i wysoką latarnią a w roku 1724 sygnaturkę nad prezbiterium zachodnim. W roku 1730 zmieniono pierwotny wygląd zakrystii podwyższając ją o jedno piętro. Na kondygnacji tej urządzono salę kapituły zgromadzenia.
Po II wojnie światowej. W marcu i kwietniu 1945 roku, a więc już po wyzwoleniu miasta, w skutek dewastacji dokonanej przez wojska sowieckie, kościół św. Brygidy został poważnie uszkodzony. Pozostały jedynie mury oraz część sklepienia w prezbiterium. Wieża, znaczna część dachu i pozostałe sklepienie zwłaszcza w nawie północnej jak i południowej runęło. Bardzo poważnemu zniszczeniu uległo wyposażenie wnętrza. W 1957 i w 1969 roku to co pozostało, strawiły pożary. W takim stanie ruiny kościoła niszczały do 1970 roku.
Dopiero 19 lutego 1970 roku, po usilnych staraniach czynionych nieprzerwanie od czasu zakończenia II wojny światowej przez stronę kościelną władze wojewódzkie przekazały kościół diecezji. Ówczesny biskup gdański ks. Lech Kaczmarek mianował proboszczem parafii ks. Henryka Jankowskiego. On to stał się głównym inspiratorem odbudowy zniszczonego kościoła. Wraz z młodzieżą, jeszcze bez zgody władz wojewódzkich, rozpoczął odgruzowywanie. Wielkim nakładem sił i środków w latach 1972-1974 kościołowi przywrócono jego zabytkowy wygląd. Prace prowadzono pod kierunkiem inż. Zenona Sykutery oraz inż. Kazimierza Macura, natomiast rekonstrukcji zniszczonych sklepień podjął się murarz Marek Mężyk, który sobie tylko wiadomymi sposobami przywrócił im dawny kształt i piękno. Odbudowano też całkowicie zniszczoną wieżę.
Zewnętrzna bryła kościoła zasadniczo niczym nie odbiega od tej, jaką znamy sprzed II wojny światowej. Niestety nie udało się przywrócić pierwotnego wystroju wnętrza. Zrekonstruowanie niektórych sprzętów bez ich dokumentacji i szczegółowych planów jest dzisiaj niemożliwe. Trzeba jednak przyznać że to co możemy obecnie ujrzeć urzeka nas swoim pięknem, a przy tym nastraja do kontemplacji. W roku 1983 kościół został ponownie konsekrowany.(theguru)