Dzisiejszy kościół św. Wojciecha, to obiekt należący kiedyś do istniejącej w mieście od 1772 roku wspólnoty ewangelickiej. Utrzymany w stylu neogotyckim budynek, którego projektantem był Fryderyk Stüller z Berlina powstawał w latach 1857 – 1861 natomiast w roku 1903 do kościoła dobudowano dom parafialny.
Do końca II wojny światowej rola tego obiektu była zgodna z jego pierwotnym przeznaczeniem czyli była to świątynia podległa wspólnocie ewangelicko - augsburskiej, po zakończeniu wojny kościół stał się częścią Parafii Katedralnej Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny.
W latach 70 i 80 XX wieku miejsce to pełniło różne funkcje głównie o charakterze rekolekcyjnym, w czasach obecnych budowla pełni rolę parafialnego kościoła przedpogrzebowego. Inną rolę natomiast wyznaczono dla dawnego domu parafialnego, od 1992 roku jest to siedziba zboru Kościoła Zielonoświątkowego „Parakletos” we Fromborku.