Przyglądając się położeniu Fromborka przede wszystkim określimy, iż jest to miasto położone nad Zalewem Wiślanym, zbiornikiem wody słonej oddzielonym od Bałtyku Mierzeją Wiślaną i mającym z nim połączenie przez rzekę Szkarpawę oraz Cieśninę Pilawską.
To właśnie usytuowanie czyni Frombork miejscem pewnego paradoksu, bowiem leżąc nad wielkim rezerwuarem wody miejscowość nie ma dostępu do wody nadającej się do spożycia. Problem ten doskwierał mieszkańcom już od dawnych czasów, na tyle poważnie, iż w wieku XIV postanowiono doprowadzić wodę z nieodległej rzeki Baudy. Dokonano tego przekopując niemal pięciokilometrowy kanał, poprowadzono go od zachodniego brzegu rzeki w jej środkowym biegu.
Do Fromborka kanał wpływał od strony północno – wschodniej, częściowo przebiegał przez miasto i uchodził do Zalewu Wiślanego na wysokości dzisiejszego portu. Było to dla ówczesnych mieszkańców znaczne udogodnienie - prócz dostarczania wody pitnej kanał zasilał młyn miejski, który prawdopodobnie wybudowano w XV wieku. Źródła historyczne pozwalają przypuszczać iż w wieku XVI młyn przebudowano i podwyższono, dodając wieży funkcję wodociągu. We wnętrzu wieży umieszczone było urządzenie czerpakowe, które pompowało wodę na Wzgórze Katedralne oraz do zespołu kanonii wykorzystując system rur drewnianych.
Kanał spełniał swoje zadanie przez kilkaset lat i przestał działać po roku 1944. Jego korytem spływały jedynie wody opadowe i powodziowe. W latach 60 XX wieku zniszczono i zasypano odcinek o długości 766 m przebiegający przez miasto, zachowany został jedynie fragment koryta o długości 212,5 m na odcinku od Wieży Wodnej do ujścia w Zalewie Wiślanym. Miejsce to zwane jest potocznie Kanałem Kopernika, chociaż ze względu na lata życia sławnego kanonika nie mógł on być budowniczym ani projektantem kanału.
Poza miastem dawny przekop zarasta krzewami a w wielu miejscach skarpy uległy zniszczeniu, suche dno koryta podniosło się znacznie w sposób naturalny. Kanał Kopernika 27 czerwca 1968 roku wpisany został do rejestru zabytków.