Kościół Świętej Trójcy (dominikanów) pochodzący z początku XIII w. uległ zniszczeniu w czasie najazdu tatarskiego. Odbudowany w 2 poł. XIII w., w poł. XV w. został przekształcony w stylu gotyckim. W XVII w. dobudowano kaplice, a po pożarze (1850) został odbudowany w stylu neogotyckim. W neogotyckiej kruchcie znajduje się portal z 1400 roku z dekoracją roślinną.
W prezbiterium znajduje się ołtarz wykonany w XIX w zaprojektowany przez ówczesnego przeora ojca Mariana Pavoniego. Obok ołtarza płyta nagrobna księcia Leszka Czarnego i z XV w. Filipa Kallimacha, która zaprojektowana była przez Wita Stwosza. Po przeciwnej stronie ołtarza grób fundatora Dominikanów - Iwo Odrowąża - wielkiego biskupa krakowskiego, fundatora wielu kościołów i klasztorów w Krakowie i okolicach.
W kościele umieszczone są ciekawe kaplice rodowe. Z prawej strony od tyłu - kaplica Lubomirskich (św. Róży Limańskiej), gdzie pochowani są wybitni przedstawiciele tego rodu. Ciekawą jest kaplica św. Józefa, w niej bowiem znajduje się nagrobek renesansowy Prospera Provano, który z polecenia króla Zygmunta Augusta zorganizował pierwszą linię pocztową, łączącą Kraków z Wenecją. Bliżej prezbiterium jest kaplica rodu Myszkowskich (św. Dominika) zbudowana na wzór kaplicy zygmuntowskiej. Warto spojrzeć w górę by zobaczyć galerię pomników rodu Myszkowskich. Obok znajduje się wejście do kaplicy Matki Bożej Różańcowej, zbudowanej dla upamiętnienia zwycięstwa pod Wiedniem. Kaplica ta właściwie stanowi osobny kościółek. W jej ołtarzu głownym znajduje się obraz - kopia Matki Bożej Różańcowej z XVI w. W krypcie pod kaplicą spoczywa matka króla Jana III Sobieskiego i jego brat Marek. Prochy te przywieziono z Żółkwi po II Wojnie Światowej.
Po drugiej stronie wśród ciekawych kaplic warto zatrzymać się przy pierwszej od ołtarza kaplicy pw. Jezusa Ukrzyżowanego, gdzie znajduje się nagrobek generała Jana Skrzyneckiego. W tej samej kaplicy relikwiarz Wita, apostoła Litwy z XIII w. Nad kaplicą znajduje się kolejna, do której możemy wejść po schodach, kaplica św. Jacka wykonana obecnie przez Baltazara Fontanę, z pięknymi stiukami i relikwiarzem- trumną świętego z postacią św. Jacka w Glorii. Św. Jacek był pierwszym dominikaninem, który przybył do Krakowa na polecenie swego wuja Iwo Odrowąża i tu założył zgromadzenie. Zmarł w roku lokacji miasta Krakowa.
Po zwiedzeniu kościoła warto podejść na krużganki, gdzie znajduje się kilka nagrobków renesansowych, ciekawe obrazy, kapitularz oraz stara romańska ściana. Za nią znajduje się refektarz.J eśli się uda można wejść do sieni gotyckiej oraz do dawnego dormitorium. Klasztor wybudowany jest wokół dwóch wirydarzy. Bardzo ciekawa jest także biblioteka.