Wzniesiony wraz z klasztorem dla trynitarzy, barokowy (1741-1758). Projektował go działający w Krakowie w XVIII wieku Franciszek Placidi. Warto zwrócić uwagę na piekną fasadę złożoną z części wklęsłej środkowej z ukośnie ułożonymi filarami. Ten ciekawy zabieg pozwala na podziwianie kościoła w perspektywicznym skrócie. W ten sposób architekt starał się umożliwić przechodniom obserwowanie całej fasady świątyni, pomimo otaczającej ją ciasnej zabudowy.
We wnętrzu kościoła znajduje się piękna rokokowa dekoracja z 1758 roku. Malowidła są dziełem Józefa Piltza z Moraw. Ich tematyka związana jest z wezwaniem kościoła, czyli św. Trójca, ale także z działalnością Trynitarzy, którzy zajmowali się wykupem chrześcijan od niewiernych, czyli muzułmanów. Na malowidlach znajdziemy też podobiznę założyciela zakonu Jana z Mathy. W ołtarzu głównym znajduje się figura Pana Jezusa, wcześniej należąca do Trynitarzy. W ołtarzach bocznych mamy obrazy z XVIII w, m.in św. Kajetana i św. Judy Tadeusza, malowane przez Tadeusza Konicza.
Kiedy w 1796 roku wymarli ostatni Trynitarze, kościół został przejęty przez władze austriackie na magazyn wojskowy. W 1812 r przekazano budynki Bonifratrom, którzy zajmowali się prowadzeniem szpitali. Mieli oni swój malutki szpitalik w centrum miasta, przy kościole św. Urszuli, jednak chcieli utworzyć większy. Na początku XX w. dzięki nowym budynkom rozbudowali swój szpital do 100 miejsc. Po II wojnie światowej placówkę przejęło państwo, jednak obecnie od 1996 r. należy ona znów do Boniftratów.
Obok kościoła i szpitala znajduje się znana ziołolecznicza apteka prowadzona przez ten zakon. Przygototwywane są w niej lekarstwa według starych recept.