Kościół powstał z inicjatywy założyciela Aleksandrowa Łódzkiego Rafała Bratoszewskiego. Został wzniesiony w latach 1816-1818 w stylu klasycystycznym, na terenie powstającej wówczas osady przemysłowej. Na cześć inicjatora budowy świątyni, a jednocześnie fundatora nadano mu wezwanie św. Rafała Archanioła. W roku 1824 we wnętrzu kościoła pochowano pod posadzką ciało Rafała Bratoszewskiego.
Przez lata istnienia świątynię wielokrotnie przebudowywano, powiększając ją. W latach 1922-1926 według planów architektonicznych Józefa Kabana dobudowano dwie nowe nawy boczne oraz przedłożono główną. Lata 1933-1935 to kolejna przebudowa kościoła. Wówczas zmieniono jego front usuwając małą wieżę, a w jej miejsce wybudowano w stylu neobarokowym dwie nowe - 20 metrowe na których umieszczono dzwony.
Kolejnej, bardzo zaawansowanej przebudowy dokonano w latach 1988-93. Do istniejącego kościoła (od strony południowej) dobudowano nową świątynię pw. św. Michała Archanioła. Przedsięwzięcia dokonano według planów Witolda Millo przy udziale arch. Mirosława Rybaka, inż. Romana Chomiczewskiego i inż. Mirosława Wypłosza. Zachowano stary styl architektoniczny z zewnątrz jak i wewnątrz.
Obecnie od 2011 r. trwa gruntowny remont kościoła, którego koniec planowany jest na 2015 r. Na placu przykościelnym (od strony ul. 11 Listopada) znajdują się dwa pomniki: monument upamiętniający papieża Jana Pawła II (odsłonięty w 2000 r.) oraz pomnik upamiętniający postać założyciela miasta Rafała Bratoszewskiego (odsłonięty w 2005 r.).
Opisany obiekt znajduje się przy zbiegu ulic: 11 Listopada i Wojska Polskiego w Aleksandrowie Łódzkim.