W malowniczej dolinie Dunajca
Pieniński Park Narodowy ma tylko nieco większą powierzchnię od najmniejszego Ojcowskiego PN. Obejmuje najcenniejsze krajobrazowo i przyrodniczo obszary Pienin Właściwych, zbudowanych głównie z różnorodnych wapieni. Najtwardsze z nich tworzą malownicze, niemal pionowe białe ściany opadające ku Dunajcowi płynącemu w skalnym kanionie. Przełomowym odcinkiem rzeki prowadzi turystyczna trasa spływów tratwami, uznawana za atrakcję w skali europejskiej. Urodę gór podkreślają kontrasty rzeźby – wąwozy rozcinające stoki łagodnych grzbietów, odosobnione skałki w postaci iglic. Jasne skały pięknie kontrastują z szatą roślinną zmieniającą kolorystykę zależnie od pory roku. Najbardziej znanym szczytem są Trzy Korony (982 m n.p.m.).
Różnorodność lokalnych krajobrazów wiąże się nie tylko z formami rzeźby czy typem podłoża skalnego, ale również z warunkami mikroklimatu wpływającymi z kolei na bogactwo gatunków roślin i zwierząt. Często obok siebie rosną, wybitnie ciepłolubne gatunki południowoeuropejskie (np. oman wąskolistny, perłówka siedmiogrodzka) i wysokogórskie typowe dla zimnego i wilgotnego klimatu (sesleria skalna, aster alpejski i dębik ośmiopłatkowy). Ponad 70% powierzchni parku zajmują lasy, głównie buczyna karpacka, ciepłolubne zbiorowiska jedliny i buczyny oraz lasy jaworowe.
O wyjątkowości Pienin stanowią jednak zbiorowiska nieleśne, zwłaszcza łąki, jedne z najbogatszych ekosystemów roślinnych w kraju, zawdzięczające swoje powstanie człowiekowi. Rosną na nich m.in. liczne gatunki storczyków. Na murawach naskalnych pojawiają się rzadkie rośliny skalne, jednak największą osobliwością jest biało kwitnąca chryzantema Zawadzkiego, powszechnie występująca na wschód od Uralu. Na obszarze parku rosną dwa endemity: pszonak pieniński i mniszek pieniński.
Przypuszcza się, że żyje tu ok. 13 tys. gatunków zwierząt, czyli połowa wszystkich występujących w Polsce! Wiele z nich to endemity, m.in.: liczne gatunki ślimaków i chrząszczy. W szczelinach skalnych zakłada swoje gniazda bardzo rzadki pomurnik. Na niedostępnych półkach skalnych gnieżdżą się również pustułki, kruki i sporadycznie nagórniki. Pienińskie łąki słyną natomiast z motyli, z najbardziej znanym niepylakiem apollo.