W 1773 r. Szubin został włączony do Prus. W związku z napływem ludności niemieckiej, hrabia Stanisław Mycielski ofiarował gminie ewangelickiej plac i materiały na budowę kościoła. W 1796 r. ukończono budowę świątyni o konstrukcji szachulcowej. W 1905 r., na miejscu poprzedniej postawiono obecną neogotycką świątynię. Po II wojnie światowej kościół został zaadoptowany na potrzeby parafii katolickiej, pod wezwaniem św. Andrzeja Boboli.