W 1140 r. w Brzeźnicy (wkrótce potem przemianowanej na Jędrzejów) założono najstarszy na polskich ziemiach klasztor cystersów. Zakonnicy przybyli tutaj z Francji, a konkretnie z Burgundii, z opactwa w Morimond. Wykorzystując w części mury istniejącej świątyni (widać je w zachodniej części nawy głównej), wznieśli kościół i klasztor w burgundzkiej manierze, o ścianach ze starannie obrabianych bloków wapiennych z mnóstwem detali rzeźbionych w kamieniu. Nową świątynię poświęcono w 1210 r.
Z pożarów i przebudów notowanych na przestrzeni 800 lat istnienia opactwa, z pierwotnych elementów romańskich tylko fragmentarycznie ocalały mury i część detali kamieniarskich. We wnętrzu kościoła panuje barok. Z połowy XVIII w. pochodzą organy, które pod względem jakości brzmienia należą do najlepszych w Polsce. Organmistrzowie podkreślają także ich wyjątkowo unikalną konstrukcję. Co roku koncertują na nich wytrawni muzycy w czasie Festiwali Muzyki Organowej i Kameralnej.
W kaplicy przylegającej do południowego ramienia transeptu warto zwrócić uwagę na kamienną płytę z rysunkiem długowłosego mężczyzny trzymającego tarczę z herbem Lis. Oznacza ona miejsce pochówku Pakosława z Mstyczowa. Należy do najstarszych w Polsce płyt nagrobnych osób stanu rycerskiego.
Najsłynniejszym cystersem jędrzejowskim był bł. Wincenty Kadłubek (ok. 1161-1223). W 1208 r. został wybrany biskupem krakowskim. Dał się poznać jako zwolennik reform Kościoła w XIII-wiecznej Polsce. Opowiadał się za celibatem księży, jemu także zawdzięczamy wprowadzenie w kościołach zwyczaju umieszczania światła przed tabernakulum z Najświętszym Sakramentem. W 1218 r. postanowił zdjąć biskupią infułę, porzucił Kraków i pieszo przywędrował do Jędrzejowa, aby resztę życia spędzić w cysterskiej celi jako zakonnik. Opat z braćmi witał dostojnego pielgrzyma na trakcie przed Jędrzejowem. Na pamiątkę tego wydarzenia usypano kopiec. Z czasem powstała tu też kapliczka. Kopiec Spotkania - bo taką nadano mu nazwę - wznosi się do dziś na skraju miasta, po prawej stronie drogi ze Szczekocin.
Na piętrze, w południowej części świątyni warto zobaczyć celę bł. Wincentego Kadłubka. Tutaj zakończył życie w czasie pracy nad dziełem Chronica Polonorum. Na zewnętrznej ścianie, tuż pod okapem dachu umieszczono duży napis: "Tu mieszkał św. Wincenty Kadłubek". Na jednym z ciosów na wysokości okna widnieje jeszcze inskrypcja z 1920 r. przypominająca o renowacji pomieszczenia. Późnobarokowa kaplica bł. Wincentego Kadłubka z jego szczątkami w relikwiarzu przylega do północnej nawy kościoła.