To najstarszy ogród botaniczny w Polsce, założony w 1783 roku. Powstał na terenie, który wcześniej należał do rodziny Czartoryskich. Mieli oni tu swój pałacyk. Teren ten od Czartoryskich zakupili jezuici, a po kasacji zakonu majątek ten przejęła Komisja Edukacji Narodowej. W tym czasie Hugo Kołłątaj reformował Akademię Krakowską i właśnie tu, przy obecnym Rondzie Mogilskim postanowił urządzić ogród, który miał być zakładem pomocniczym dla katedry chemii i historii naturalnej.
Początkowo ogród był mały i zajmował ok 2,4 ha. Przy wejściu do niego stanął budynek Obserwatorium Astronomicznego. Pierwszym dyrektorem został prof. Jan Jaśkiewicz, który organizował go przy pomocy wiedeńskiego ogrodnika Franciszka Kaisera i wtedy urządzono barokowy ogród francuski z kolekcją roślin ozdobnych i leczniczych. Zorganizowano tez sadzawkę ze starorzecza Wisły , a w połowie XIX w na sadzawce urządzono sztuczną wyspę.
Potem dyrektorami byli Alojzy Estraicher, który odbudował podupadający ogród, Ignacy Czerwiakowski i Józef Rostafiński. W tym czasie w organizacji ogrodu pomagał słynny botanik Józef Warszewicz. Józef Rostafiński wybudował nową palmiarnię i zorganizował pracownię naukową, poszerzano także ogród. Kolejno opiekę nad terenem sprawowali wielcy botanicy Marian Raciborski i Władysław Szafer, którzy znów musieli odbudowywać podupadłą kolekcję. To właśnie Szaferowi, najwybitniejszemu polskiemu botanikowi zawdzięczamy obecną aranżację.
Ogród od lat 50-tych zajmuje ok. 10 ha. Obecnie na jego terenie znajduje się kilka palmiarni (kompleks Viktori), wybudowany częściowo w XIX w , a częściowo w latach 1925-26. Ostatnio zrekonstruowany. Z okazji 600 lecia UJ wybudowano szklarnie " Jubileuszową" wraz z zespołem szklarni tropikalnych. Zbiory storczyków znajdują się w niskiej cieplarni zwanej "Holenderką" wybudowanej w latach 50-tych XX w. Na terenie Ogrodu Botanicznego znajdują się popiersia sławnych botaników Józefa Warszewicza i Mariana Raciborskiego, a także Muzeum Botaniczne, Pracownia Historii Botaniki.