Ojcowie reformaci przybyli do Kalisza w roku 1631 za sprawą Marcina Wierusz-Kowalskiego. Pierwotnie zabudowania klasztoru i kościoła były drewniane. Obecna, murowana zabudowa powstała w latach 1665-73. W latach 1728-31 od strony wschodniej dobudowano do nawy kościoła Kaplicę Żołnierską, powstała ona z fundacji Piotra Sokolnickiego, chorążego poznańskiego.
Na cmentarzu przykościelnym w latach 1717-1736 wzniesiono kaplicę przedpogrzebową p.w. św. Jana Nepomucena. Powstała ona z fundacji Jana Kierzyńskiego - starosty stawiszyńskiego i Marcjana Węgierskiego - miecznika wschowskiego.
W roku 1864 ówczesne władze rosyjskie zamknęły klasztor, a następnie nastąpiła kasata zakonu ojców reformatów. W roku 1914 zabudowa klasztorna, jak i całe miasto, została zniszczona. Klasztor odbudowano w latach 1919-1921 i stał się domem sióstr Nazaretanek (Zgromadzenie Sióstr Najświętszej Rodziny z Nazaretu zostało założone w 1875 r. w Rzymie przez Polkę, błogosławioną Marię od Pana Jezusa Dobrego Pasterza - Franciszkę Siedlecką)
Warto zwrócić uwagę: Przed wejściem do kościoła leży płyta z czerwonego kamienia. Wyryty jest na niej łaciński napis „HIC IACET PECCATOR 1706:24 JULY” co w tłumaczeniu znaczy „Tu leży (spoczywa) grzesznk”. Taka była wola pochówku Kazimierza Strobiszewskiego mieszkającego we wsi Wtórek (znanej od 1405 r. jako wieś Rycerska; pod koniec XIX w. należała do Radziwiłłów) koło Ostrowa WIelkopolskiego.