Historia schroniska sięga roku 1876, kiedy to z inicjatywy Towarzystwa Tatrzańskiego przekształcono stojący w Dolinie Pięciu Stawów szałas pasterski w pierwsze schronisko. Użytkowane w lecie, zimą niszczało. Remonty budynku były dość kosztowne, dlatego w 1896 roku rozpoczęto budowę nowego schroniska, prace zakończono trzy lata później.
Schronisko cieszyło się dużą popularnością, dlatego często poddawane było modernizacji. W czasie I wojny światowej zostało zdewastowane, jednak przy pomocy Kompanii Wysokogórskiej Wojska Polskiego szybko wróciło do dawnej świetności. W 1924 roku PTTK postanowiło je udoskonalić. Budowa trwała siedem lat. W 1933 roku budynek powiększono tak, że mogło w nim nocować o połowę więcej turystów niż dotychczas. W schronisku organizowano obozy Polskiego Związku Narciarskiego.
II wojna światowa oszczędziła schronisko, jednak w 1945 roku zniszczył je pożar. Z inicjatywy państwa Krzeptowskich nad Pięcioma Stawami stanął nowy drewniany budynek, obecnie mieści się tam strażnicówka Tatrzańskiego Parku Narodowego. Schronisko powstało z gruzów po raz piąty i szczęśliwie stoi do dziś. Budynek położony jest na wysokości 1670 m n.p.m., jest to więc najwyżej położone schronisko górskie w polskich Tatrach. Niezmiennie cieszy się dużą popularnością turystów, dlatego planując w nim nocleg, należy dokonać wcześniej telefonicznej rezerwacji lub poprzez formularz rezerwacji zamieszczony na stronie internetowej. Schronisko jest doskonałą bazą wypadową na wiele tatrzańskich szlaków.