Powiada się, że sercem każdego większego zamku jest jego kościół. Trudno nie oprzeć się temu stwierdzeniu, gdyż od dawien dawna to właśnie one umieszczane były w centralnym punkcie zamkowych kompleksów. Tak też jest w przypadku malborskiej warowni.
Zamkowy kościół Najświętszej Maryi Panny został wzniesiony w północnym skrzydle Zamku Wysokiego. Z racji stołecznych funkcji malborski kościół zamkowy został uznany za główny kościół rycerzy Zakonu Najświętszej Maryi Panny. Owa świątynia wzniesiona została przez jednego z głównych budowniczych zakonu, Wielkiego Mistrza Dietricha von Altenburga. W tym czasie istniejącą Kaplicę Mariacką przedłużono w kierunku wschodnim, a utworzona w ten sposób bryła przyjęła formę jednoprzestrzennego kościoła. Jego wnętrze przykryte jest sklepieniem gwiaździstym, wspartym tylko na kolumienkach przyściennych. Wejście do kościoła wiedzie wspaniałymi krużgankami przez bogato zdobiony portal zwany Złotą Bramą. Przedstawia on życie Chrystusa z wybitnym zaznaczeniem przypowieści o pannach mądrych i głupich.
Niestety, wnętrze kościoła nie przypomina dziś swej dawnej świetności. W wyniku działań wojennych podczas ostatniej wojny kościół został doszczętnie zrujnowany, a z jego pierwotnego wyposażenia niewiele się do czasów obecnych zachowało. Obecnie trwają w jego wnętrzu mozolne prace konserwatorskie. Muzeum zamkowe wciąż zbiera fundusze na odtworzenie jego dawnego wyglądu. Podobny los spotkał wysoką na kilka metrów figurę Madonny, która niegdyś zdobiła zewnętrzną ścianę kościoła. Wykonana była ze sztucznego kamienia i pokryta szklaną, kolorową mozaiką.