Nowe Skalmierzyce to miejscowość leżąca przy dawnej granicy zaborów; znajdowało się tu przejście graniczne. Została założona przez Niemców. Po odzyskaniu niepodległości zaczęli tu napływać polscy osadnicy wyznania katolickiego.
Z dniem 26 lipca 1925 roku w Nowych Skalmierzycach została utworzona nowa parafia, która wywodzi się z parafii św. Katarzyny w Skalmierzycach. Nadano jej wezwanie Bożego Ciała ku pamięci cudownego odnalezienia w 1780 roku Najświętszego Sakramentu, który został wykradziony z kościoła w Skalmierzycach; znaleziono go na terenach obecnej miejscowości Nowe Skalmierzyce.
Pierwszy proboszcz ks. Stanisław Szwedziński latem 1931 roku rozpoczął budowę domu katolickiego, który do dziś zastępuje prawdziwy kościół planowany od początku. Jego następca, ks. Czesław Gmerek, doprowadził budowę do końca i już jako kościół poświęcił go 8 listopada 1932 roku prymas Polski kardynał August Hlond. Kolejny duszpasterz ks. Franciszek Jeliński, będący proboszczem w latach 1934-1955 (w czasie wojny był więżniem Dachau), przystosował wnętrze do wystroju świątyni. Przygotowania do budowy kościoła i plebanii przerwała wojna. Po skończonej wojnie ów ksiądz wznowił pracę, aby dotychczasowej kaplicy nadać charakter świątyni. Ściany i sufit zostały pokryte polichromiami o treści religijnej. Równocześnie w 1949 roku w oknach firma J. Elsner z Poznania wykonała witraże wg projektu artysty malarza Mariana Schwartza. Za czasów ks. proboszcza Henryka Olejniczaka (1971-1982) założono elektryczne ogrzewanie, trwale usytuowano główny ołtarz, odnowiono oświetlenie, powieszono stacje Drogi Krzyżowej. W roku 1975 poświęcono dwa nowe dzwony "Maryję" i "Józefa" przygotowane na wieżę kościoła. W tym samym roku nastąpiła uroczysta konsekracja kościoła, której dokonał w 50-lecie parafii ks. arcybiskup Antoni Baraniak, metropolita poznański.
Od 1991 roku kościół i parafia Bożego Ciała wchodzi w skład nowo utworzonej Diecezji Kaliskiej. W 2008 roku przy kościele wybudowana została wieża.