Reformaci (zakon obserwantów franciszkanów) przybyli do Krakowa w 1625 r. Początkowo osiedlili się poza murami miejskimi, ale po potopie szwedzkim udało im się znaleźć miejsce wewnątrz miasta i zbudować klasztor oraz kościół.
Kościół poświęcili królewiczowi Kazimierzowi. Ma on wyposażenie późnobarokowe z XVIII w., a polichromia pochodzi z początku XX w. W ołtarzu głównym znajduje się Ukrzyżowanie. Po lewej stronie w ołtarzu mieści się obraz - Matki Boskiej z XVII w. - który uratowano z płonącego kościoła poza murami. Obraz ten był darem fundatorki pierwszego kościoła Zuzanny Amendówny. W jednym z ołtarzy możemy zobaczyć obraz patrona - królewicza Kazimierza.
W 1901 r. dobudowano do świątyni kaplicę i tam umieszczono obraz Misericordia Domini, także uratowany z poprzedniego kościoła. Legenda mówi, że podczas zarazy, kiedy zakonnicy skończyli się modlić o jej wygaśnięcie i odmawiać litanię, podobno usłyszeli słowo "koniec" wypowiedziane przez samego Jezusa - i wtedy zaraza ustała. W tejże kaplicy mamy figurkę św. Ekspedyta, do którego modły wznoszą przede wszystkim studenci niezbyt przygotowani do egzaminów - gdyż jest to święty, który szybko działa i ratuje w nagłych przypadkach.
Naprzeciw kościoła znajdują się stacje Drogi Krzyżowej w formie kapliczek, a w nich obrazy namalowane przez XIX-wiecznego krakowskiego malarza Michała Stachowicza. W podziemiach natomiast zlokalizowane są ciekawe krypty, w których mieszczą się zwłoki zmumifikowane poprzez działanie mikroklimatu specyficznego na tym terenie. Mamy tam ludzi zmarłych przed 300 laty i możemy dostrzec zarysy ich twarzy i kolory szat, ale o tym mówi inny artykuł.