Parafia została erygowana w XII w. przez abp Jana Pełkę przy nieistniejącym już dziś kościele pw. Matki Bożej. Była to bardziej kaplica klasztorna wzniesiona przed 1145 r. na obecnej górze. Świątynię którą dziś podziwiamy wybudowano w roku 1250, murowaną w stylu romańskim. Obiekt był w XV w. wielokrotnie przebudowywany i odnawiany w stylu gotyckim. Obecny wygląd pochodzi z XVII w. Kompleksowy remont kościoła przeprowadzono w XIX w.
Z historii tego miejsca: "Góra św. Małgorzaty jest bardzo starożytną osadą położoną wokół dość wysokiej góry. Pierwotnie była własnością książąt Mazowieckich: Mieczysława, Bolesława, Henryka i Kazimierza, którzy w 1145 r. przekazali ją na wieczystą własność klasztorowi kanoników Laterańskich w Trzemesznie. Dowodzi tego przywilej Mieszka nadający (...) kościołowi i miastu położonemu wokół tej góry, niedaleko Łęczycy - tytuł Św. Małgorzaty; oraz humibalda, kardynała Legata Apostolskiego, nadany 2-III-1146 r. Bernardowi Trzemeszeńskiemu - proboszczowi, potwierdzający w imieniu Stolicy Apostolskiej tę darowiznę."
Źródło informacji: tablica w kruchcie kościoła.