Parafia pw. św. Bartłomieja Apostoła w Szyszkach powstała pod koniec XV wieku. Niestety brak jest dokumentu dotyczącego jej utworzenia i pierwotnego wyglądu świątyni. W roku 1714 biskup płocki Ludwik Załuski ufundował drewniany kościół, który służył parafianom przez 150 lat. W drugiej połowie XIX wieku wraz ze znajdującymi się w jego sąsiedztwie budynkami uległ zniszczeniu, zaś parafia przeniesiona została do Strzegocina.
W 1887 roku przystąpiono do budowy obecnego kościoła. W roku 1897 ukończono budowę murów i wieży, a dwa lata później położono dach. Dnia 17 maja 1909 roku – po 10 latach wyposażania świątyni, budowy plebanii i budynków gospodarczych – uroczystej konsekracji kościoła pw. Przemienienia Pańskiego dokonał ordynariusz płocki ksiądz arcybiskup Antoni Julian Nowowiejski.