Wyższe Seminarium Duchowne we Włocławku zostało założone 16 VIII 1569 r. przez biskupa Stanisława Karnkowskiego. W programie nauczania znajdowały się takie przedmioty jak: język polski, łaciński i grecki, biblistyka, teologia dogmatyczna i moralna, wymowa oraz obrzędy kościelne. Ze względu na trudności finansowe w 1581 r. przestało istnieć.
Seminarium reaktywował w 1619 r. biskup Paweł Wołucki i powierzył jego prowadzenie prefektowi, którego wspomagał bakałarz ze szkoły katedralnej. Ze względu na brak kandydatów, bardzo trudno było znaleźć perfekta z duchowieństwa diecezjalnego, dlatego też w 1686 r. prowadzenie powierzono zgromadzeniu bartolomitów (robili to do 1691 r.)
W 1719 r. z inicjatywy biskupa Konstantego Felicjana Szaniawskiego seminarium zoatało ponownie otwarte, tym razem pod kierownictwem Księży Misjonarzy, którzy byli wówczas uważani za najlepszych kierowników seminariów diecezjalnych. W 1882 r. roku wybudowano piętrowe skrzydło. Przeznaczono je na mieszkania dla kleryków. W 1888 r. wzniesiono piętrowy budynek, w którym umieszczono kuchnię, refektarz i sale wykładowe na piętrze. Natomiast w latach 1899-1900 wybudowano okazały frontowy budynek wzdłuż ulicy Seminaryjnej (obecnie Prymasa Stanisława Karnkowskiego).
W okresie międzywojennym placówka włocławska wyróżniała się wysokim poziomem kształcenia. W 1927 r. otrzymała prawa szkoły wyższej, będące równoznacznymi z prawami fakultetów teologicznych na uniwersytetach. W dniu 7 października 1939 r. okupant hitlerowski aresztował wszystkich profesorów i 22 alumnów. Większość z nich zginęła śmiercią męczeńską w obozie w Dachau.
W dniu 4 kwietnia 1945 seminarium rozpoczęło działalność na plebani w Lubrańcu, a następnie w maju 1945 roku powróciło do Włocławka. Seminarium włocławskie jest jednym z najstarszych w Polsce.