W Krakowie Prokocimiu, który na przełomie XIX i XX w należał do Jerzmanowskich, obok ich pałacu znajdowała się stajnia dla koni bryczkowych i wozownia. Około 1910 r. Anna Jerzmanowska, po śmierci swojego męża Erazma sprzedała majątek Augustianom. Właśnie w tejże stajni postanowili umieścić po remoncie kaplicę Matki Bożej Pocieszenia. Była to duża sala mogąca pomieścić około 800 osób.
Na ścianie nawy, na życzenie Anny powieszono tablicę poświęconą jej mężowi. Nad ołtarzem zawieszono obraz Matki Bożej Dobrej Rady. Wyposażenie kaplicy przywieziono z kościoła św Katarzyny. Niestety klasztor został skasowany w 1950 roku i kaplicę przejęła Kuria. Służyła m.in jako ośrodek duszpasterski dla nowo tworzonej parafii Bożego Miłosierdzia.
Augustianie odzyskali tę kaplicę w 2001 r., wyremontowali i poświęcili jako kościół rektoralny pod wezwaniem św Mikołaja z Tolentino. Obraz z dawnego ołtarza powieszono na ścianie bocznej, a w głównym ołtarzu umieszczono kopię obrazu Matki Bożej z San Gimignano we Włoszech.