Wyniszczające Chodzież wojny „potopu szwedzkiego” i północnej a także klęski żywiołowe doprowadziły do znacznego zmniejszenia ludności w mieście i okolicy. Właściciel tych ziem Karol Grudziński w drugiej dekadzie XVIII wieku poprzez energiczną akcję kolonizatorską doprowadził do zasiedlenia osadnikami pochodzenia niemieckiego i wyznania protestanckiego.
W Chodzieży darował im teren na tzw. Nowym Mieście i nowi mieszkańcy w 1774 r. zbudowali drewniany szachulcowy kościół. Podczas wichury, która przeszła nad miastem w 1818 r. kościół ewangelicki został poważnie uszkodzony. Mury groziły zawaleniem , a wieża mocno się pochyliła. Gmina ewangelicka postanowiła w 1829 r. rozebrać pierwszy kościół i wybudować na jego miejscu nowy. Staraniem pastora Schultza powstał nowy kościół, który został 18 października 1831 r. erygowany przez pochodzącego z Chodzieży biskupa protestanckiego Freymarka. Na budowę kościoła wydano 7726 talarów, z czego 6501 tal. pochodziło z kasy królewskiej, a tylko 1225 tal. zebrali chodziescy ewangelicy. W XIX wieku ewangelicy stanowili w Chodzieży najliczniejszą grupę wyznaniową. W roku 1889 kościół powiększono dobudowując od strony wschodniej absydę.
Budynek w czasie II wojny światowej uległ częściowemu uszkodzeniu . W latach 1949 – 1950 decyzją ówczesnych władz został rozebrany, w ramach regulacji ulicy Kościuszki. W miejscu, gdzie stała protestancka świątynia 9 listopada 2012 r. odsłonięto tablicę przypominającą istnienie do 1950 r. budynku kościoła. Uroczystość zorganizowało Towarzystwa Miłośników Ziemi Chodzieskiej oraz Heimatkreisgemeinschaft Kolmar – organizacja skupiająca byłych mieszkańców miasta. Obecne były władze miasta i starostwa oraz wicekonsul Niemiec z Gdańska Gerd Fensterseifert, a tablicę poświęcili pastor Winfried Schiller oraz miejscowy proboszcz parafii św. Floriana ks. Ireneusz Szypura.