Święta Agata urodziła się około 235 roku na Sycylii, pochodziła ze znamienitego rodu rzymskiego. Niestety jej życie splata się z latami rządów cesarza rzymskiego Decjusza, który za swego panowania dość gorliwie i bezwzględnie zwalczał wszelkie religie monoteistyczne, ze szczególnym naciskiem na chrześcijanizm. Św. Agata po przyjęciu wiary chrześcijańskiej postanowiła żyć w dziewictwie i z tego powodu odrzuciła rękę namiestnika Sycylii Kwincjana. Przy kolejnej fali prześladowań Kwincjan mszcząc się za odrzucenie jego zalotów wskazał jako jedną z pierwszych ofiar właśnie Agatę. Postawiono ją przed sądem i poddano torturom, m.in. obcięto jej piersi. Tortury przerwano niespodziewanie gdy nastąpiło trzęsienie ziemi, upatrywano w tym karę Bożą za to co uczyniono wobec Agaty. Ostatecznie poniosła ona śmierć 5 lutego 251 r. kiedy rzucono jej umęczone ciało na rozżarzone węgle.
Rok po tych wydarzeniach nastąpił wielki wybuch wulkanu Etny, gorąca lawa nie zalała jednak miasta ale zatrzymała się tuż przed nim. To cudowne ocalenie przypisywano Agacie, nawet poganie uważali że to właśnie dzięki wstawiennictwu Agaty uniknięto niechybnej śmierci w płomieniach. Jej relikwie umieszczono w przepięknym relikwiarzu który znajduje się w Katanii, a dniu rocznicy jej śmierci relikwiarz jest obwożony po mieście w uroczystej procesji.
Święta Agata jest patronką amazonek i chroni od ognia, ku jej czci święci się wodę i sól, którą wrzuca się do ognia aby w razie zagrożenia odwróciły ten żywioł od zabudowań. Ta właśnie protekcja świętej miała znaczący wpływ na budowę kaplicy jej poświęconej, gdyż w XVIII w. Sejny nawiedzane były wielokrotnie przez dość dotkliwe pożary.
Kaplica poświęcona św. Agacie znajduje się na placu nazwanym jej imieniem naprzeciw bazyliki. Jej budowę datuje się na rok 1789, powstała ona z inicjatywy i fundacji parafian. Jest to niewielka murowana budowla na podstawie kwadratu o dwóch bocznych zaokrąglonych oknach i z namiotowym dachem. Na szczycie dachu w 1828 r. umieszczono wykonaną w drewnie lipowym figurę św. Agaty, również wewnątrz znajduje się jej obraz pochodzący z połowy XVIII w. wiszący na niewielkim ołtarzykiem.
Wokół kaplicy znajduje się kute ogrodzenie wykonane przez miejscowych rzemieślników w 1904 r. Kaplica jest zadbana i regularnie restaurowana, wszak to właśnie św. Agata jest patronką Sejn i tak jak dawniej ma chronić to miasto od pożarów i innych nieszczęść.