Pierwszy kościół w Zrębicach znajdował się w miejscu obecnej świątyni już w XIV w. Z powodu braku większych remontów w kolejnych wiekach drewniany kościółek już w II połowie XVIII w. chylił się ku upadkowi. Nowy kościół (z drzewa modrzewiowego) został zbudowany kosztem ówczesnego proboszcza, księdza Wojciecha Bulińskiego w 1789 r. Prawdopodobnie umieszczono w nim fragmenty pierwszego kościoła. W II połowie XIX w. odrestaurowano kościółek.
Najcenniejszym elementem zrębickiej świątyni jest obraz patrona parafii - św. Idziego z 1652 r., który znajduje się w ołtarzu głównym. Natomiast w bocznym ołtarzu umieszczono jeszcze starszy obraz Matki Bożej zwany Betlejemską z XV w. (niestety w 1998 r. obraz został skradziony). Wokół kościoła rosną ok. 300-letnie zabytkowe lipy.