Historia bytności Żydów w nadpilickiej Warce sięga XVI w. Pierwsze pisane wzmianki o tym pochodzą z 1581 r. Rozwój osadnictwa żydowskiego w mieście przypadł na XVIII i XIX w. Już w osiemnastym stuleciu wareccy Żydzi posiadali drewnianą synagogę oraz cmentarz. W 1829 r. osiedlił się w Warce cadyk Izrael Icchak Kalisz, zapoczątkowując tutejszą chasydzką dynastię. Siedziba cadyka istniała w mieście do likwidacji społeczności żydowskiej przez hitlerowców w czasie II wojny światowej.
Kirkut w Warce powstał prawdopodobnie w 1795 r. na wysokim wzniesieniu nad Pilicą na południowy zachód od śródmieścia. Wielokrotnie powiększany osiągnął przed II wojną światową powierzchnie około 1,5 hektara. Na cmentarzu tym spoczął również założyciel wareckiej dynastii Izrael Icchak Kalisz, który zmarł w 1848 r.
W czasie okupacji nekropolię zdewastowano, usunięto z niej wszystkie macewy, które posłużyły za materiał budowlany. Po zakończeniu wojny przez długie lata teren kirkutu służył za pastwisko i miejsce spotkań przy ognisku. W 1990 r. w miejscu, gdzie znajdował się grób cadyka Kalisza, wzniesiono ohel (żydowski grobowiec), do którego prowadzą strome schody. Niewielki budynek, zamknięty na głucho, niszczony jest przez miejscowych grafficiarzy. Teren nekropolii nie jest dozorowany.