Podczas Akcji „Wisła”, która w 1947 r. doprowadziła do przymusowego przesiedlenia tysięcy rodzin ukraińskich, na terenie gminy Wydminy ulokowano 800 osób, a prawie cztery tysiące osiedlono w całym powiecie giżyckim. Podczas trwania tej akcji wytyczne były bardzo proste - Ukraińcy nie mogli stanowić więcej niż 10% mieszkańców danej wsi, gminy i powiatu, jednak jeśli chodzi o ówczesne województwo olsztyńskie te proporcje nigdy nie zostały zachowane.
W wielu wsiach procent tej społeczności wynosił 50% lub nawet 80%. Do 1976 r. Grekokatolicy uczestniczyli w nabożeństwach w odbywających się w kościele p.w. Chrystusa Zbawiciela w Wydminach, jednak w tym właśnie roku odprawiono pierwszą mszę greckokatolicką i wydarzenie te uznaje się jako datę powstania parafii. W lipcu 2001 r. wmurowano kamień węgielny pod podwaliny własnej świątyni przy ul. Dworcowej. Intensywne prace rozpoczęto jesienią następnego roku stawiając mury i nakrywając je dachem.
Rok 2006 można uznać za koniec prac budowlanych, cerkiew jest w pełni wyposażona za wyjątkiem ikonostasu. Poświęcenia tej świątyni i ofiarowania jej pod opiekę świętych Włodzimierza i Olgi dokonano 28 lipca 2008 r. Szafarzem ceremonii był zwierzchnik Kościoła Grekokatolickiego w Polsce, metropolita warszawsko - przemyski ks. arcybiskup Iwan Martyniak.
Do parafii w Wydminach należy kilka okolicznych miejscowości, opiekują się nią ojcowie bazylianie z klasztoru w Węgorzewie.