W Bejscach już w X wieku istniał gródek rycerski z kaplicą, która w późniejszych latach została przebudowana na kościół w roku 1190 konsekrowany przez biskupa krakowskiego Pełkę. W roku 1340 powstał obecny kościół fundacji Ostasza z rodu Firlejów. Przebudowywany w następnych latach zachował swoje pierwotne, pięcioboczne prezbiterium z zakrystią.
Podczas renowacji kościoła odkryta została XV wieczna polichromia, która uwidacznia sceny żywota Jezusa od narodzin do śmierci i zmartwychwstania. W XVI wieku tutejszy kościół Firlejowie (ówcześni właściciele majątku) zamienili na kalwiński zbór aby z początkiem XVII wieku ponownie zwrócić katolikom. Kościół św. Mikołaja jest budowlą jednonawową, wzniesioną z cegły ze sklepieniem krzyżowo - żebrowym. Ściany z przyporami, pomiędzy którymi znajdują się ostrołukowe okna.
Nawa kościoła wybudowana w stylu gotyckim pochodzi z XIX wieku. Chór muzyczny umieszczony na trzech ostrołukach ze stylowym parapetem i neogotyckim prospektem organowym. Ściany kościoła zdobi mozaika ceglana kontrastująca z kamienną okładziną filarów i służek. Zworniki na sklepieniu z płaskorzeźbionymi herbami. Z południowej części nawy wiedzie wejście do kaplicy Najświętszej Marii Panny pełniącej mauzoleum Firlejów.
Kaplicę wzorowaną na Jagiellońskiej na Wawelu wzniesiono w latach 1594 - 1601 wg autorstwa Tomasza Nikiela z Pińczowa, związanego z warsztatem Santi Gucciego. Wejście do kaplicy stanowi półkoliście zamknięta arkada. Wnętrze kaplicy (na planie kwadratu) nakrywa kopuła z latarnią. Sklepienie kopuły i arkady wejściowej zdobią uszeregowane kasetony z rozetami symbolizujące porządek wszechświata wokół słońca (latarni). Wschodnią ścianę kaplicy wypełnia ołtarz. Na jego szczycie widnieje figura Zmartwychwstałego Chrystusa, poniżej której znajduje się naczółek kolumnowy z trójkątnym daszkiem na belkowaniu.
W powstałej niszy mieszczono scenę ukrzyżowania z postaciami pasyjnymi. Po bokach, na cokołach ustawiono figury Aniołów z narzędziami Męki Pańskiej. Centralną część ołtarza stanowi alabastrowa, płaskorzeźbiona płyta przedstawiająca Wniebowzięcie NMP. Płytę obramowują manierystyczne kolumny z przewiązkami. Po bokach w niewielkich niszach ustawiono figury św. Stanisława BM - patrona Polski i św. Mikołaja - patrona Firlejów. Ponad nimi widzimy Archanioła Gabriela i Archanioła Michała. W predelli aniołowie podtrzymują monogram Chrystusa IHS. Boki ołtarza zdobią fantazyjne spływy i woluty.
Przeciwległą ścianę kaplicy wypełnia pomnik nagrobny, na szczycie którego stoi Chrystus Zmartwychwstały. Centralną część pomnika przedstawiono jako bramę niebios. Na kolumnach ustawiono belkowanie z ozdobnym gzymsem i trójkątnym naczółkiem. Pośrodku, pomiędzy kolumnami na filarze przedstawiono ukrzyżowanie Chrystusa. W powstałych w ten sposób dwóch niszach umieszczono klęczące postaci małżonków Firlejów. W postawie tej adorują ukrzyżowanie w nagrobku oraz przeciwległy ołtarz. W dolnej części nagrobka uwidoczniony jest kartusz z herbem Lewart. Po bokach kartusza przedstawiono marność doczesnego życia " gdzie ja tu, tam jutro ty" - Vanitas. W tej scenie widzimy dziecko wsparte na czaszce i trzymające klepsydrę. Boki nagrobka zdobią woluty i spływy w kształcie smoków i węzy, które jako symbole popełnione za życia grzechy odchodzą w nie byt, w nicość. Na zewnątrz kaplica stanowi sześcian nakryty kopułą z latarnią. Na narożach kaplicy ustawiono figury Dawida - króla Izraela i Judyty - obrończyni Izraela.
Po przeciwnej stronie od kaplicy Firlejów znajduje się skromna barokowa kaplica św. Anny. W prezbiterium kościoła znajdują się również epitafia Badenich i Byszewskich - późniejszych właścicieli Bejsc.