Bełżec jeszcze na początku XX wieku nie posiadał swojej parafii i należał do parafii w Lipsku koło Narola. Zbudowano tutaj w roku 1901 drewnianą kaplicę, która pełniła rolę świątyni filialnej do czasu wybudowania obecnie stojącego kościoła. Jego budowę rozpoczęto w roku 1911. Jest to budowla murowana, jednonawowa na planie krzyża łacińskiego w stylu neoklasycystycznym.
Podczas II wojny światowej kościół został sprofanowany i zamieniony na magazyn, a jako świątynia zastępcza służyła wówczas stojąca nieopodal drewniana cerkiew grakokatolicka. Obecnie kościół pełni rolę głównej świątyni w parafii Matki Bożej Królowej Polski w Bełżcu.