Jednym z najstarszych muzeów w Polsce jest Muzeum Archeologiczno-Historyczne w Elblągu, natomiast na Warmii i Mazurach jest to muzeum najstarsze. Założone w 1864 roku pruskie Stadtliche Museum zrujnowały wydarzenia II wojny światowej. W 1954 roku przywrócono już w granicach polskich tradycję kolekcjonowania zbiorów. Gromadzone od tak wielu lat eksponaty można podziwiać w dwóch historycznych budynkach, w przeszłości będących częścią krzyżackiego podzamcza.
Zmodernizowany w 2014 roku w ramach unijnego projektu "Museums over the borders" budynek wschodni podzamcza prezentuje zwiedzającym film holograficzny oraz trzy wystawy stałe:
• Historie ponad granicami - film holograficzny przedstawiający w atrakcyjnej, ultranowoczesnej i uniwersalnej formie dwa tysiące lat przemian kulturowych i historii południowo-wschodniego pobrzeża Bałtyku.
• Elbląg Reconditus – prezentacja 700-letniej historii miasta, przerwanej brutalnie w 1945 roku, mozolnie odtwarzanej na podstawie wieloletnich badań archeologicznych. Przypomina skalę zniszczeń, jakie dotknęły miasto oraz jego siłę do podniesienia się z upadku.
• Historia w twarzach, twarze historii – wystawa oparta na cyklu filmowych wywiadów z byłymi mieszkańcami Elbląga. Opowieści, przedmioty, fotografie i dokumenty przedstawiają obraz przedwojennego świata widzianego oczami dzieci.
• Nieśmiertelność kobiecości – ekspozycja prezentująca kobiece artefakty ludu zamieszkującego okolicę współczesnego Elbląga u schyłku starożytności. Biżuterię i utensylia sprzed dwóch tysięcy lat zestawiono ze współczesnymi przedmiotami codziennej higieny i kosmetyki.
W niedalekiej przyszłości propozycje muzealne zostaną powiększone o kolejne ekspozycje:
• Wikińska Globalizacja – legendarne Truso i świat Wikingów prezentowane na podstawie trzydziestu lat badań archeologicznych podelbląskiej osady,
• Gabinet egipski – pierwszy z tematycznych zakątków wiedzy kulturowej dla dzieci oraz elbląskich turystów wyruszających do innych krajów,
• Sala Kaspra Bekiesza – wystawa zbudowana wokół portretu Kaspra Bekiesza, poświęcona życiu tego niezwykłego Węgra, dowódcy wojsk Stefana Batorego, i jego nieocenionych zasług w obronie Elbląga przed najazdem mieszczan gdańskich.
Gimnazjum - taką nazwę nosi zachodni budynek kompleksu muzealnego. Nazwę zawdzięcza założonej w 1535 roku szkole humanistycznej. Obecnie prezentowane są tam wystawy czasowe oraz trzy ekspozycje stałe:
• Rzemiosło elbląskie – prezentacja mistrzowskiego poziomu lokalnego rzemiosła w XVII i XVIII wieku, świadectwo wyrafinowanych gustów mieszczan i wysokich umiejętności elbląskich rzemieślników.
• W żuławskim domu – wystawa ukazująca wpływ kultury mennonickiej na życie codzienne mieszkańców Żuław Wiślanych przed II wojną światową.
• Ceramika Kadyńska – największy w Europie zbiór ceramiki z cesarskiej Wytwórni Majoliki w Kadynach elbląskiego kolekcjonera Edwarda Parzycha.