W 1816 r. było tu więzienie powstałe z przebudowanych pomieszczeń stajennych i wozowni Pałacu Biskupów Krakowskich. Dwa lata później władze carskie więziły w nim powstańców styczniowych a w 1905 r.,więzieni tu byli działacze niepodległościowi i bojownicy PPS. W okresie międzywojennym, w więzieniu przetrzymywano działaczy komunistycznych oraz kryminalistów.
Podczas II wojny światowej więzienie przejmuje Gestapo. Od tej pory więziono tu głównie członków ruchu oporu. Podczas okupacji przez więzienie przeszło około 16 tys. osób, wiele z nich zostało zamordowanych lub zostali wywiezieni do obozów koncentracyjnych. W styczniu 1945 r. więzienie zostaje przejęte początkowe przez NKWD, a następnie przez Urząd Bezpieczeństwa. Od tego czasu do 1946 r. przechodzili tu gehennę żołnierze polskiego podziemia. W latach 1956 – 1979 mieścił się areszt śledczy.
W roku 1995 w obiekcie po byłym więzieniu utworzone zostało Muzeum Pamięci Narodowej. Prezentowane były ekspozycje poświęcone więźniom przebywającym tu podczas II wojny światowej oraz w latach 1945 – 1956. Muzeum działało do 2005 r.
W 2011 roku został utworzony Ośrodek Myśli Patriotycznej i Obywatelskiej. Ośrodek przejmuje pomieszczenia wykorzystywane przez byłe muzeum i organizuje w nich ekspozycje tematyczne: salę "Wybranych" poświęconą żołnierzom AK, pomieszczenia karcerów, miejsce straceń oraz ścianę rozstrzelań. Dodatkowo prezentowane są pamiątki związane z powstaniem kościuszkowskim, I i II wojną światową czy zesłaniami na Syberię.
Dawny mur więzienny przekształcony został na Mur Pamięci. Na murze tym umieszczane są zdjęcia osób, które walkę o wolna Polskę przepłacili życiem tu w kieleckim więzieniu, w obozach koncentracyjnych i rozstrzelanych w 1940 roku na kieleckim leśnym stadionie, w ramach akcji AB tzw. Nadzwyczajnej Akcji Pacyfikacyjnej. Na murze umieszczono już ponad 60 fotografii.