Legenda głosi, że ze wzgórza, na którym stoi dziś kościół w Bobowie nauczał w drodze do Gdańska św. Wojciech. Jednak pisane wzmianki o wsi, parafii i kościele pochodzą z wieku XIII. Pierwotna drewniana kaplica została w XIV w. zastąpiona murowaną z cegły i kamienia. Ta budowla stanowi obecnie najstarszą, gotycką część kościoła. Rozszerzono ją jeszcze po zniszczeniach wojny trzynastoletniej i ozdobiono polichromią.
Jak wiele kościołów pomorskich i ten miał swój okres protestancki, wyjątkowo jednak krótki, bo zaledwie 42-letni, zakończony w 1596 r. przez bpa Rozrażewskiego.
Podczas wojen szwedzkich świątynia została zburzona niemal w całości, z wyjątkiem niewielkiej, najstarszej części. Do niej w 1700 r. dobudowano ceglaną, otynkowaną nawę i wieżę. Kolejna katastrofa – pożar z 1906 r. – znów ominęła najstarsze fragmenty kościoła. Nowsze części przebudowano, wydłużając m.in. nawę, prace ukończono w 1911 r. Podczas II wojny światowej kościół nie doznał większych uszkodzeń; ostatnie prace modernizacyjne prowadzono w latach 80. XX w.